フィルタ交換機構(FEU)は，HSCの観測中にフィルタ交換を可能にするために用意した装置です．合計6枚のフィルタを格納し，そのうちの一つを光軸上に挿入または退避します．主焦点ユニットとは分離した構造です．FEUは光軸上で位置決めを行う位置決め部とフィルタを格納する格納部の2つの部分からなります．位置決め部は焦点面のCCDに対し，10ミクロンの位置精度でフィルタを固定することができます．格納部は2つあり，それぞれにフィルタの選択や搬送を行う機能が備わっています．交換時には，まず格納部の駆動台車が光軸からフィルタを抜き出し格納します．次に別のフィルタをひとつ選択して再び駆動台車が掴み，それを光軸に向かって押し出します．最後に位置決め部に受け渡し，フィルタを焦点部に固定します．これらの動作は完全自動化され，1回の交換には14分要します．このFEUは日本と台湾の国際協力で開発されています．